En el ecosistema urbano la relación de conflictos entre las estructuras naturales y construidas sirve para reconocer los nuevos equilibrios dinámicos que se conforman en una sinergia de tipo espacial y emocional que se establece con el medio y su significado cultural. Se identifican elementos a considerar para el análisis ecosistémico en zonas urbanas como los flujos de  materia, energía e información. Desde esta perspectiva cobra un valor preponderante el funcionamiento urbano a través de los flujos, aspecto que hoy es una limitación en los planes de ordenamiento urbano. Es por ello que la ciudad  intermedia como clave del sistema urbano cobra una importancia extrema como modelo de trabajo para el análisis de los desequilibrios en su funcionamiento, tales como las amenazas de origen natural, antrópico y socionaturales, aspectos poco tratado en los planes de ordenamiento. Es por ello que se presenta como objetivo, realizar un análisis crítico de los modelos urbanos desde la planificación u ordenamiento urbano en la concepción y análisis de los flujos ecosistémicos en contribución al ecourbanismo como modelo ideal del desarrollo urbano.  Para ello se utilizaron métodos teóricos y empíricos entre los cuales se resalta el análisis sistémico estructural, la modelación, Matriz-Presión-Estado-Impacto y Respuestas (PEIR) y los estudios de casos. Estos aspectos están en proceso de evaluación en los planes de Ordenamiento urbano en la provincia de Holguín, relacionados con los flujos de residuos, riesgos a desastres por inundaciones, riesgos biológicos entre otros,  en contribución a un desarrollo armónico y equilibrado de la ciudad.